Era hermano menor conventual, pero se ignora a qué edad entró en la orden franciscana, ni se tiene información sobre su educación musical. Se puede suponer, sin embargo, que Bona frecuentase la escuela de música y de letras, que se mantenía en el siglo XVI en la catedral de Brescia para el respectivo servicio litúrgico. Incursionó en la poesía y por el escritor Francesco Saverio Quadrio fue inscrito entre los poetas como autor de canzonetas y madrigales musicados por él mismo; se distinguió sin embargo, especialmente en la composición musical, de la cual, según el padre Sigismondo da Venezia, fue tal vez alumno de Costanzo Porta.

Apreciado por la belleza y la dulzura de la voz, fue también 'primo cantore' en la Basílica de San Antonio de Padua -probablemente en 1590, año de publicación de "Litaniae et aliae Laudes Bona M. Virginis, nec non divorum Francisci et Antonii patavini quator vocibus concinendae", en Milán- y en la Catedral de San Francesco a Vercelli, donde el año siguiente se convirtió en maestro di cappella. Aquí permaneció casi con toda seguridad hasta 1595, a pesar de que en ese año dedica sus "Regole del contraponto" al tenor Germano Aliardo, miembro del coro en la catedral de Vercelli. En 1596, siempre con las mismas funciones de maestro di cappella, se fue a San Francesco en Milán y posteriormente estuvo presente en 1599 en San Salvatore di Monferrato, en la catedral de Mondovi en 1601 y en la iglesia de San Francesco en Brescia en 1611. Desde 1613 y probablemente hasta su muerte estuvo en la iglesia de San Fermo Maggiore en Verona, donde también estuvo activo como 'Prefetto della musica' y donde mantuvo una relación con la Accademia Filarmonica;  según Rossi, todavía en 1619 'vivía ... entre los frailes conventuales de San Francesco'. Bona sin embargo, debe haber muerto no mucho después, ya que ninguna de sus obras conocidas hasta la fecha es posterior a 1619, ni hay otras noticias relacionadas con su vida después de ese año.

Fue un prolífico compositor de la escuela veneciana y trabajó durante el periodo de transición entre la prima y la seconda pratica. En las texturas estrictamente polifónicas, principalmente en sus misas, adoptó un estilo recordativo del de Palestrina, mientras en otros tipos de composiciones, como canzoni, pretendió combinar el estilo de escritura de Gabrieli para coros dobles con escritura monódica ‘con il partito delli Bassi modernamente composti'. En su obra teórica "Regole del contraponto" (1595) se basó bastante en "Istitutioni harmoniche" de Zarlino; ya se había librado de los elementos especulativos exagerados en la teoría de Zarlino, pero reprodujo sus elementos prácticos, en forma algo casual.

Compositor significativo, especialmente en el género sacro, Bona publicó numerosas obras, entre ellas algunas teóricas, como las mencionadas "Regole del Contraponto et compositione brevemente raccolte da diversi Auttori", en Casale, 1595 y los "Essempi delli passaggi delle consonanze, et dissonanze, et d'altre cose pertinenti al Compositore", en Milán, 1596. Este segundo tratado, según lo explicado por el mismo Bona en la carta dedicatoria, debía servir como un complemento práctico de las "Regole del Contraponto"; G. O. Pitoni lo utilizó como modelo para su "Guida armonica" (Roma, h. 1689), y también S. Picerli da Rieti hizo uso de las obras de Bona para su "Specchio primo di musica..." (Nápoles, 1630).